A história de Atlética esta intimamente relacionada com a criação dos jogos InterUnesp, no formato atual. Seus membros ajudaram na organização dos jogos em Botucatu, naquele ano. Além da organização a partir de 2003 da Copa UNESP de Futsal de Ilha Solteira, firmando-se como parceira do esporte universitário ilhense.

A Associação Atlética Acadêmica UNESP Ilha Solteira foi firmando-se como entidade responsável pelo esporte da universidade, à medida que os jogos foram crescendo e surgindo responsabilidades e necessidades de uma melhor organização e colaboração dos alunos dentro desse novo cenário. Sendo que em 2005, houve a separação definitiva do antigo D.A. (Diretório Acadêmico), criação do próprio estatuto e uma maior organização interna.

Todos os avanços conquistados e sua consolidação fizeram com que os membros da Atlética acreditassem em algo inusitado e tido como impossível. A organização dos jogos InterUnesp em 2005, sendo um marco para a associação e um salto de qualidade dentro dos jogos, aumentando sua fama e credibilidade. Após se tornar independente e organizar de forma grandiosa os jogos de 2005, a associação se estruturou para buscar no esporte sua aceitação na universidade.

Em 2013, reconquistou seu acesso a primeira divisão dos jogos O Inter, depois de ter caído em 2011 no InterUnesp de Marilia, consagrando-se Campeã Geral da segunda divisão do O Inter Assis, além de ter nesse mesmo ano sido eleita Atlética Revelação dentre as 22 entidades que compõem a Liga InterUniversitária de Esportes Universitários, pelo grandioso trabalho realizado durante o ano e nos jogos, e que mantemos até hoje.

No ano de 2015, a Atlética completa 10 anos de muito trabalho e dedicação, e para uma data tão especial, decidimos tentar dar tal presente a entidade e nossa cidade, de nos tornarmos mais uma vez cidade-sede dos jogos InterUnesp. 

Em 2016, na cidade de Presidente Prudente a Associação teve sua melhor colocação nos jogos O Inter, ficando na 7ª colocação da primeira divisão. No ano de 2017, após muito preparo, a atlética mais uma vez tentou ser cidade sede do Inter, conseguiu todo o apoio da cidade de Ilha Solteira, porém a cidade escolhida foi a de Bauru. Nos jogos, a colocação final foi de 8º lugar. Em 2018 o Inter voltou para a cidade de Araraquara e com uma delegação com números expressivos, voltamos para Ilha com a 9ª colocação.